El objetivo de la nutrición ortomolecular es equilibrar el organismo mediante la alimentación y el uso de suplementos nutricionales, siempre utilizando las sustancias de las que está compuesto el organismo (vitaminas, minerales, aminoácidos y ácidos grasos esenciales). A través de este equilibrio se consigue estimular y conectar con el potencial físico y mental de la persona.

La nutrición ortomolecular no trabaja el desequilibrio sino a la persona con el desequilibrio. Por esta razón, no existen dos tratamientos iguales, ni reglas generales sobre alimentación.

Cada persona tiene una bioquímica determinada, la cual puede predisponerle a desarrollar ciertas enfermedades o síntomas. Debido a esa individualidad bioquímica, en nutrición ortomolecular no existen reglas estándares sobre alimentación. No todo el mundo se beneficia de la ingesta de alimentos considerados sanos, como, por ejemplo, las ensaladas; algunas personas, por el contrario, se sienten mejor comiendo vegetales cocinados. Al igual que no a todo el mundo le sienta bien una dieta vegetariana o, por ejemplo, el consumo de cereales. Por ello, para obtener una salud óptima es vital descubrir las necesidades individuales del organismo y la nutrición ortomolecular es una terapia muy eficaz dedicada a esta labor.